2006年11月にウィーン・コンツェントゥス・ムジクスおよびウィーン・フィルハーモニー管弦楽団を率いて再来日し、モーツァルトなどの作品を指揮した。
2015年12月5日、86歳の誕生日の前日に、体力の限界を理由に引退を表明した。
https://twitter.com/DGclassics/status/706459315775873024
We are saddened to hear that #NikolausHarnoncourt has died. Thank you for your legacy and farewell, maestro! pic.twitter.com/jaNrHPyAE8— Deutsche Grammophon (@DGclassics) 2016年3月6日